Только в 1989 году учреждение получило в пользование здание, построенное специально для него. В связи с развитием музея, увеличением фондов ему потребовалось расширить и обновить помещение, дабы осуществлять свою деятельность в нужных масштабах. В ходе реконструкции строение приобрело интересные концептуальные решения — к примеру, покатые стены имитируют форму горных склонов и курганов. Массивные колонны придают зданию величественность и отражают высокий статус музея, обладающего богатейшей уникальной коллекцией.
В залах музея размещены экспозиции, проводятся тематические экскурсии, организуются временные выставки (в том числе мультимедийные) и мероприятия. В музее есть магазин, в котором продается сувенирная продукция, связанная с историей и культурой Алтая.
Экспозиции В музее есть несколько постоянных экспозиций.
Природа Рассказывает о природе Горного Алтая, разнообразии растительного и животного мира — от древних форм до современных представителей. Здесь можно увидеть образцы ископаемых организмов, горных пород, минералов. У посетителей есть возможность проследить, как формировался рельеф местности, менялся климат, флора и фауна.
Древняя история В силу географического положения Горного Алтая через него проходили пути переселения многих народов, живших в древние времена. Благодаря этому на территории в большом количестве сохранились археологические памятники — стоянки и поселения древних людей, погребальные комплексы. В залах представлены экспонаты, дающие представление о жизни людей в разные эпохи — от каменного века до Средневековья. Здесь можно увидеть останки мамонта, древние орудия труда, предметы быта, детали одежды, украшения, оружие, росписи.
Комплекс плато Укок Благодаря особенностям природы и климата местности сохранились ценные образцы погребальных сооружений. Одной из значимых находок, обнаруженных при раскопках на плато, стала мумия «Укокской принцессы». Она хранится в саркофаге в специальном помещении музея, доступ к ней открывается в определенные дни и часы исходя из традиций и обычаев алтайского народа. В зале же представлена реконструкция погребального комплекса.